1810年柏林大学创校，校区原址位于菩提树下大街。到第二次世界大战结束为止，柏林原本只有一个“柏林大学”，而大学师生也很骄傲地以拉丁文校名柏林大学（Alma mater berolinensis）自称。

冷战期间，柏林大学被划入东柏林境内，部分师生从原校出走，并在以美国、英国及法国为首西方阵营的支持下，在1948年于西柏林成立了“自由的柏林大学”（即今柏林自由大学），成为西德学术重镇。“真实、公平、自由”是柏林自由大学建校以来的校训。柏林大学分裂之後，位於东柏林的原址校区则于1949年改名为现今的柏林洪堡大学，以纪念大学创办人、德国著名教育改革家威廉·冯·洪堡兄弟。1990年两德统一后柏林自由大学和柏林洪堡大学各自存续，没有合并。这两所“柏林大学”如今是各自独立的大学并维持密切的合作关系。2003年，两所“柏林大学”将各自的医学院合并成柏林大学夏里特医学院（Charité - Universit?tsmedizin Berlin），成为欧洲最大的教学医院之一